Klonlamanın olumsuz yönleri arasında gelişimsel komplikasyonlar, anormal genler ve düşük başarı oranları bulunur. Bir insan klonunun ailesel ve toplumsal rollerle tam olarak bütünleşemediği de mümkün.
Klonlama büyük ölçüde başarısız oldu çünkü somatik hücre nükleer transfer süreci sorunlu. Bir çekirdek aktarımı için genel başarı oranı yüzde 0.01 ila 3 arasında bir yerdedir. Klonlamadan kaynaklanan hamileliklerde başarısızlık oranı da yüksektir. Diğer bir risk faktörü de klonlama işlemini tamamlamak için yapışık olmayan yumurta ve çekirdeklerdir.
Klonlanan hayvanlar, klonlanmamış emsallerinden daha büyük olma eğilimindedir. Bu Büyük Yavrular Sendromu olarak bilinir ve bundan muzdarip hayvanlar, solunum ve kan akışı komplikasyonlarına neden olan büyük organlara eğilimlidir. Klonlanmış hayvanlar ayrıca bağışıklık, beyin ve böbrek problemlerinden muzdariptir.
Klonların daha önce aşınmış bir aktarılmış çekirdeğe bağlı olarak daha hızlı yaşlanma olasılığı da vardır. Bilim adamları, kromozomların gelişmiş yaşlanmaya neden olan tehlikeye giren özelliklere sahip olabileceğinden endişe duyuyorlar. Uzmanlar bu problemden doğabilecek gelişimsel komplikasyonlar hakkında da uyarıyorlar.
Birçoğu, insan klonlamasında oluşabilecek deformiteler hakkında sorular ortaya çıkarır ve insan klonlaması bazı etik sorular ortaya çıkarır. Örneğin, muhalifler insan klonlarının etkili bir şekilde kendi kaderlerini tayin etmeyeceklerini iddia ediyorlar çünkü genetik orijinalleri gibi davranmaları bekleniyor.
