Kertenkeleler, birçok omurgalı gibi, akciğerleri ve nefes almalarını sağlayan bir solunum sistemine sahiptir. Memelilerden ve kuşlardan farklıdırlar, çünkü diyafram kası yoktur ve vücut kaslarını esneterek nefes alırlar.
Nefes almak için kaslarını kullanmaları gerektiğinden, kertenkeleler genellikle yoğun aktivite yaparken nefesini tutar. Bazı kertenkeleler aktivite sırasında akciğerlerine hava çekmek için boğaz kaslarını kullanarak bu sınırlamayı atlayabilir.
Tüm sürüngenler vücut kaslarına dayalı solunum kullanmazlar. Timsahlar ve kaplumbağalar nefes almak için farklı yöntemler geliştirmiştir. Timsahlar, havanın solunmasını sağlayan bir diyaframa sahipken, akciğer genişlemesi kabukları ile sınırlı olan kaplumbağalar, ciğerlerinin üzerinde uzanan ince bir kas tabakasına sahiptir ve hava alması için genişler ve büzülür.
