Katipunan üyeleriyle olan birleşmesinden dolayı Jose Rizal, kurucularından biri olarak suçlandı ve bir askeri mahkeme önünde toplama, isyan ve komplo için yargılandı. Rizal, yolda tutuklandığı ve duruşma için Manila'ya getirildiği zaman zaten Akdeniz'deydi. Üç suçlamadan da suçlu bulunmuştu. Ölüm cezasına çarptırıldı ve 1893'te Dapitan'a sürüldü.
Rizal, İspanyol makamları tarafından, toplum kurmak, isyancı ve haksız fikirleri kamuoyuna yaymak, isyancıların yaydığı dinleri eleştiren bir el çırpı paketine sahip olmak, kamuoyuna isyankar ve zekice fikirler yaymak gibi yayınlar da dahil olmak üzere çeşitli gerekçelerle tutuklandı. Filipinler'deki İspanyollar ve yayılmacı yayılma.
Rizal, Dapitan'a bir mahkum olarak gönderilse de, ilde kaldığı yıllar, doktor, ziraatçi, işadamı, mühendis, öğretmen, bilim adamı ve dilbilimci olarak kariyerinin en verimli dönemlerinden biri olarak hizmet etti. Dapitan'da kalan günlerini edebi ve sanatsal becerilerini geliştirmek için kullandı. Dapitan'da da Rizal’in emekli Hong Kong mühendisinin kızı Josephine Bracken ile tanıştı ve evlendi. İkisinin doğumdan kısa bir süre sonra ölen bir oğlu vardı.
