Rainforest Alliance'a göre, jaguarın doğal avcıları yoktur. İnsanlar, kaçak avlanma ve doğal yaşam alanlarının kaybolması nedeniyle jaguarlar için ana tehdittir.
Jaguarlar, çoğu zaman ormanlarda ve ormanlarda bulunsalar da, birçok farklı habitatta yaşar. Doğal yaşam alanlarının kaybı, bu uygulama bir zamanlar olduğu kadar yaygın olmasa da, jaguarları kürkleri için öldüren insanlarla temasta bir artışa neden oldu. Rainforest Alliance, şimdilerde kabaca vahşi doğada yalnızca 15.000 jaguar kaldığını belirtir. Jaguarlar, insanlarla aynı türden bazılarını avlayarak insan teması tehlikesini de artırır.