İdrarda skuamöz hücreler göründüğü zaman, idrar örneğinin WebMD'nin açıkladığı gibi olması gerektiği kadar temiz olmadığı anlamına gelebilir. Bu durumda, idrarı test edilen kişi numunenin muhtemel kontaminasyonu nedeniyle başka bir örnek sağlaması istenebilir.
İdrardaki skuamöz hücreler, mesaneyi veya üretrayı kaplayan dokulardan gelen, vücuttaki diğer yapılar arasında bulunan bir tür epitel hücreleridir. Epitel hücrelerinin idrarda ortaya çıkması normaldir, ancak idrar sisteminde iltihaplanma veya enfeksiyon durumunda bunların sayısı artar. İdrardaki bazı epitel hücrelerinin varlığı endişeye neden olabilir; örneğin, böbreklerden gelen böbrek tübüler epitel hücreleri, Johns Hopkins Lupus Center'a göre böbrek problemini gösterebilir.
Nadir durumlarda, idrarda atipik skuamöz hücrelerin varlığı kanser, tipik olarak ürotelyal karsinom veya skuamöz hücreli karsinom varlığını gösterebilir. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin açıkladığı gibi, kadınlarda, skuamöz hücreli karsinom aslında idrarla bir ilgisi olmaktansa rahim ağzı kanserinin habercisi olabilir. Ancak bu vakalar oldukça nadir görülür, ancak idrarda bulunan skuamöz hücrelerin vakalarının yaklaşık yüzde 0,3'ünü tutar.