Çekirdek, güneşin en sıcak kısmıdır ve 15 milyondan fazla Kelvin sıcaklığına sahiptir. Güneşin en sıcak ikinci kısmı, en dış katı olan ve 2 milyon derece Kelvin derecesinin üzerinde bir sıcaklığa sahip olan koronadır.
Güneşin çekirdeği, güneşin birincil güç kaynağı olan nükleer füzyonun gerçekleştiği yerdir. Hidrojen çekirdekleri helyum çekirdeği oluşturmak için kaynaştıkça, kaynaşık kütlenin yaklaşık yüzde 0.7'si enerji olarak salınır. Bu enerji daha sonra çekirdek ile güneşin görünür yüzeyi olan fotosfer arasında kalan konveksiyon katmanlarına yayılır. Bilim adamları koronun neden yaklaşık 6.000 derecelik bir sıcaklığa sahip olan fotosferden daha sıcak olduğunu henüz bilmiyorlar.
