Japon balığı üzerindeki siyah noktaların en yaygın nedeni, sudaki yüksek amonyak seviyeleri nedeniyle travma ve tahriştir. Yüksek amonyak aslında pulları yakar ve beyaz lekeler oluşturur. Ölçekler iyileşmeye başladığında siyah noktalar belirir.
Amonyak yanıkları, fazla amonyağın akvaryumdan uzaklaştırılmasıyla kolayca tedavi edilebilir. Amonyak seviyeleri dengede olduğunda beyaz lekeler iyileşmeye başlar ve siyah lekeler oluşur. Aşırı amonyak, sindirilmemiş yiyecekler akvaryumda parçalanmaya başladığında oluşur. Aşırı balık atığı nedeniyle yüksek nüfuslu balık tanklarında yüksek amonyak seviyeleri de yaygındır. Doğru su değişimi ve tank temizliği, amonyak seviyelerini dengelemeye yardımcı olabilir.
Kara leke hastalığı, kuş dışkısına maruz kalmış salyangozların taşıdığı nadir bir hastalıktır. Enfekte salyangozlar bilmeden tankın içine yerleştirilirse, hastalığı akvaryum balığı üzerine geçirebilirler. Parazitler ölçeklere ayrılır ve sert siyah bir kist oluşturur. Kara leke hastalığı akvaryum balıklarında nispeten zararsızdır ve çoğu durumda kistler kendiliğinden kaybolur. Salyangozların hastalığı taşıdığını bilmemenin kesin bir yolu olmadığından, siyah nokta hastalıklarını önlemenin en iyi yolu tüm salyangozları akvaryumdan uzak tutmaktır.