Ekoturizm ile ilgili temel sorun, daha fazla insanın kırılgan bir ekosistemi ziyaret etmesi durumunda, bu ekosisteme zarar verme olasılığının artmasıdır. Ek olarak, ekoturizm yerel ekonomileri çarpıtabilir, büyük yerel enflasyona neden olabilir ve yerli halkın hizmet sektöründeki işler lehine geleneksel geçim kaynaklarını terk etmelerine neden olabilir.
Ekoturizm, nesli tükenmekte olan bitki ve hayvanların korunmasında değerli bir araç olabilir. Ekoturizmin getirdiği dünya çapında dikkat, uçurumdaki türlerin farkındalığını artırabilir ve ziyaretçiler koruma programları için çok ihtiyaç duyulan fonları getirebilir. Ancak, turizm dolarları arttıkça, çevre için tehlike de artar.
Çok sayıda ziyaretçi, kaynakların tükenmesi ve kirlenmesi ile ilgili sorunlara neden olabilir. Ziyaretçiler için yollar ve tesisler oluşturma ihtiyacı habitatlara zarar verebilir ve hayvanları evlerinden uzaklaştırabilir. Ruhsatsız veya kötü eğitimli rehberler, ziyaretçileri vahşi yaşam için endişe duymadan kırılgan alanlara götürebilir ve zarar riskini artırabilir. Bazı durumlarda, ekoturizm çekiciliğinin kalbindeki türler hırsızlık ve kaçakçılık için hedef haline gelebilir ve varlıklı yabancılar için karaborsa evcil hayvanlar sağlayabilir.
Ekoturizm de yerel ekonomiler üzerinde olumsuz etki yaratabilir. Turistik hizmet sunan şirketler, toplumdaki geleneksel mesleklerden daha iyi işler sunabilir, kasabaları ve ihtiyaç duydukları hizmet köylerini mahrum bırakabilir. İlkel alanlarda, yerel ekonomiyi, toplulukların sürekli bir para ve kaynak akışı olmadan hayatta kalamayacakları ölçüde çarpıtabilir.
