Süper bilgisayarlar, havanın tahmin edilmesi, sistemleri güvence altına almak ve hatta oyun oynamak ve kolaylaştırmak dahil olmak üzere birçok görevi yerine getirir. Süper bilgisayarlar özellikle bilimsel alanlarda faydalıdır.
Süper bilgisayarlar bir zamanlar olduğu kadar baskı kazanmazlar, çünkü modern sunucular çok çeşitli görevler için yeterince güçlüdür. Ancak, süper bilgisayarlar hala çok çeşitli görevler için kullanılmaktadır. Amerika Birleşik Devletleri'nde nükleer silahları korumak için bir süper bilgisayar kullanılır ve bazılarında devlet süper bilgisayarlarının zor şifreleme problemlerini kırmak için kullanıldığı şüphelidir.
Bugün, süper bilgisayarlar genellikle bilimsel arayışlar için kullanılmaktadır. Dünyanın hava sistemi çok karmaşık olduğundan, hava durumunu tahmin etmek için çeşitli yöntemleri test etmek için süper bilgisayarlara ihtiyaç vardır. Benzer şekilde, süper bilgisayarlar Büyük Patlama modellerini ve evrende meydana geldiği düşünülen diğer olayları test etmek için kullanılır.
Dağıtılmış işlem teknolojisi sayesinde bir süper bilgisayarın tanımı zaman içinde değişmiştir. IBM'in yarattığı bir satranç oyunu süper bilgisayarı olan Deep Blue, 1996'da satrançta Garry Kasparov'u yendi. Gelişmiş ağ altyapısı, bir sisteme yeni düğümler eklemek nispeten daha kolay olduğundan, geçmişte olduğundan daha süper bir bilgisayar oluşturmayı kolaylaştırır.
