Baykuşlar avlarının tamamını yediklerinden, iki odacıklı bir mideden oluşan özel bir sindirim sistemine ihtiyaç duyarlar: salgı bezi mide ve taşlık. Bir baykuş avını yerse av, önce asitlerin ve enzimlerin yağlarını, kaslarını ve iç organlarını parçalamaya başladığı glandüler mideye geçer.
Yiyecek daha sonra mide asitlerinin, tüyler, saçlar, dişler ve kemikler gibi sindiremediği tüm materyaller için bir tutma yeri görevi gören taşlıktan geçer. Kısmen sindirilmiş dokuların geri kalanı filtre edilir ve enzimlerin onları parçaladığı, vücuda emilen besinler ile ince bağırsakta devam eder. Kısmen sindirilmiş dokular daha sonra idrar sisteminden gelen atıklarla birlikte depolandıkları kloakaya ulaşmadan önce kalın bağırsakta devam eder. Atıklar üre ile karıştırılır ve nihayetinde kloaktan baykuşun havalandırması yoluyla serbest bırakılır.
Tüm bunlar devam ederken, sindirilemez malzeme, taşlıkta aynı şekil ve büyüklükte olan bir topağa yavaşça sıkıştırıldığı taşlıkta kalır. Taşlık peleti sıkıştırdıktan sonra, topak daha sonra baykuş tekrar toparlanmadan önce 10 saate kadar depolanabileceği glandüler mideye geri gider. Bu süre boyunca, pelet sindirim sistemine girişi engellediğinden baykuş yiyemez.
