Balina avcılığındaki bazı problemler arasında bazı türlerin potansiyel neslinin tükenmesi, denizde balina avlamak için insanca bir yol bulunmaması ve balina eti ve ürünlerine düşen talebin sayılabilir. Balina Komisyonu, ticari balinalara bir yasak koydu, ancak Japonya, İzlanda ve Norveç yasaktaki boşluklardan dolayı balinalara devam ediyor.
Yasak, balina avcılığının balina popülasyonlarını tehlikeye attığını belirledikten sonra uygulamaya kondu. Hayvanların uzun ömürleri ve yavaş üremeleri nedeniyle sürdürülemez bir uygulama olan balina avcılığı birçok türün sayısını eski seviyelerinin bir kısmına indirdi.
Denizde insani bir insanı öldürmek de imkansızdır. Balinalar, türbülanslı okyanus yüzeyi boyunca hareket eden gemilerden vurulmuş hedeflerdir. Ek olarak, el bombası zıpkınları gibi balinaları öldürmek için kullanılan yöntemler hayvan için yavaş ve acı verici bir ölüme yol açabilir.
Diğer bir konu balinalardan gelen ürün ve et talebinin düşmesidir. Birçok yerde ete olan talep, avlanan şeyleri tüketecek kadar yüksek değildir. Bu nedenle, balina eti büyük, donmuş stoklarda kalır. Hükümet sübvansiyonları, balina avcılarının ürünleri için yeterli talep olmadığı durumlarda işlerinde kalmalarına yardımcı olmaktadır.