Balık ağzında başlayan ve anüste biten bir sindirim sistemine sahiptir. Genellikle ağız, yemek borusu, mide, pankreas ve bağırsaktan oluşur. Ancak, tüm balık türlerinin, Cyprinidonts ve Cyprinids gibi mideleri yoktur ve otçul balıklar, etçil balıklardan daha uzun sindirim yollarına sahiptir.
Yiyecekler yemek borusuna girmeden önce vücuda ağız yoluyla ve ardından faringeal dişlerle öğütüldüğü farenks içine alınır. Kasla kaplanmış, yemek borusunun duvarları büyük cisimleri barındırmak için genişleyebilir. Yiyecekler midede mide bezlerinden salınan maddelerle parçalanır. Bazı balık türlerinin, sindirim sürecine başlayan midenin başında bir taşlık vardır. Pilorik caeca, birçok balık türünde midenin sonunda bulunur ve bunlar sindirim sürecine devam eder ve bağırsakları genişletir. Sindirime, enzimlerin pankreastan besin emiliminin çoğunun gerçekleştiği barsaklara salgılanması sağlanır. Dışkı, vücudu anüs yoluyla terk eder.
