Portland Community College'a göre, bakteri aslında iki krallığa aittir: Archaebacteria ve Eubacteria. Eubacteria, insan sindirim sisteminde bulunanlar gibi daha yaygın organizmalardır.
Bu iki krallık, yaşamın altı krallığı arasındaki tek prokaryotları içerir. Prokaryotlar, hücrelerinde organel denilen yapılara sahip olmayan tek hücreli organizmalardır. Tüm bakteriler hücre duvarlarına sahiptir ve canlılar arasında en küçük hücrelerdir. Bazı bakteriler kendi besinlerini üretirken, diğerleri yaşamları için çevrelerinde maddeler tüketmelidir. Bakteriler yapı ve fonksiyon bakımından birbirlerinden çok farklıdırlar.