Bazı antibiyotiklerin dezavantajları arasında virüslere karşı etkisizlik, olası ilaç etkileşimleri, sık yanlış kullanım, aşırı kullanım ve olası yan etkiler bulunur. Ek olarak, yaygın olarak kullanılan antibiyotik kullanımı, bakterilerin antibiyotiğe dirençli suşlara dönüşmesine neden olabilir.
Antibiyotik direnci, bir bakterinin yüksek dozlarda antibiyotiklere dayanma ve bu yeteneği sonraki nesillere aktarma yeteneğidir. Ek olarak, antibiyotiğe dirençli bakteriler, bağışıklıklarını, plazmidler vasıtasıyla, diğer suşlara ve bakteri türlerine aktarabilirler. Süper böcekler, artık antibiyotik tedavisine cevap vermeyen bakterilerdir. Çok ilaca dirençli tüberküloz veya MDR-TB, 2014 itibariyle her yıl 1/2 milyon yeni vakaya neden olan mükemmel bir kabiliyettir.
Antibiyotikler bazen bir ilacı etkisiz hale getiren, yan etkilere neden olan veya bir hastanın biyolojik sistemlerinde hasara neden olan ilaç etkileşimlerine neden olur. Alkolün antibiyotiklerle karıştırılması, etkinliklerini azaltabilir veya bulantı, kusma ve solunum yolu etkilerine neden olabilir. Antibiyotikler bazen doğum kontrol haplarını etkisiz hale getirir. Karaciğerin hapın aktif bileşenlerinin hızlandırılmış parçalanması nedeniyle Rifampicin'in bu etkiye sahip olduğundan şüpheleniliyor. Kinolon ve kortikosteroidlerin birleştirilmesi tendon hasarına neden olabilir.
Kötüye kullanma ve aşırı kullanım iki yaygın sorundur. Geçmişte, doktorlar bir enfeksiyonun bakteriyel mi yoksa virüslü mü olduğunu tespit etmeden önce antibiyotik vermişlerdi. Çiftçiler ve veteriner hekimler, hala süper böceklerin gelişimini teşvik eden hayvancılıkta profilaktik antibiyotik kullanıyorlar. Hastalar aynı zamanda antibiyotikleri tam olarak reçete edildiği gibi alıp dirençli suşların gelişmesine izin verememektedirler.
Antibiyotikler ateş, ishal, bulantı, alerjik reaksiyonlar ve ikincil enfeksiyonlara yol açan fizyolojik dengesizlikler gibi yan etkilere neden olabilir.
