Timsahlar, iç döllenme yoluyla çoğalırlar, geceleri çiftleşirler ve sonunda küçük bir çukurda 35 ila 50 yumurta bırakırlar; bu, daha sonra çürüyen bir bitki örtüsüyle kaplanır. 65 günlük inkübasyondan sonra erkekler gibi, genetik farklılıklardan ziyade sıcaklığın belirlediği yavruların cinsiyeti. Anne yumurtaları korur ve yumurtadan çıkarken onları kazar.
İlk ebeveyn korumalarına rağmen, timsahlar gençleri için yiyecek sağlamaz ve kuluçkadan sonra onları hemen terk eder ve yaklaşık yüzde 80'i yaşamlarının çok erken bir döneminde yıpranmaya kaybedilir. Bunu çok sayıda nispeten küçük yumurtalar koyarak telafi ederler, bu nedenle bazıları yüksek kayıplara rağmen hayatta kalır.
Dişiler erkeklerden daha büyük doğar, ancak erkeklerde sonuçta büyür. Erkeklerden daha fazla sayıda kadın timsah var ve her baskın erkek, kendi bölgesinde 10 kadar dişi ile eşleşiyor. Birçoğu insanın işitme aralığının altında olan ve sudaki bariz rahatsızlıklara neden olan kükremeler ve gürlemelerle kadınları cezbeder.
Timsahlar, birçok açıdan yakından ilgili timsahlara benzer. Başlıca farklar timsahların daha geniş burunlara sahip olmaları ve ağızları kapalıyken sadece üst dişlerinin ortaya çıkmasıdır.
