Su ekosistemi bir organizmalar topluluğu ve su ortamındaki etkileşimleridir. Bu ekosistemin büyük olması gerekmez. Bir damla su bütün bir su ekosistemi içerir çünkü bu su damlasındaki mikroorganizmalar dış organizmalardan bağımsızdır ve bu az miktarda su ile tamamen desteklenir.
Su ekosistemi, balık ve sürüngenlerden bakteri ve mantar gibi mikroskobik organizmalara kadar çok çeşitli yaşamları içerir. Deniz ekosistemleri ve tatlı su ekosistemleri dahil olmak üzere çeşitli su ekosistemleri vardır.
Deniz ekosistemi bir tuzlu su ekosistemi ve dünyadaki en büyük su ekosistemidir. Bir deniz ekosistemi, daha küçük ekosistemlere veya bölgelere ayrılır. Örneğin, bir mercan kayalığı, lagünler ve intertidal bölgeler gibi kendi ekosistemidir. Bu ekosistemler algler, mercanlar, balıklar ve köpekbalıkları içerir.
Bir diğer önemli su ekosistemi türü, lentik veya yavaş hareket eden su ekosistemlerinden, likik veya hızlı hareket eden su ekosistemlerinden ve sulak ekosistemlerden oluşan bir tatlı su ekosistemidir. Lentik ekosistemler, küçük bölgeler veya littoral bölgeler, açık su bölgeleri ve derin su bölgeleri dahil ekosistemlere ayrılan göletler ve göller içerir. Lotik ekosistemler nehirleri ve akıntıları içerir. Lentik ve lotik ekosistemler balık bakımından zengin olsa da, sulak ekosistemler büyük ölçüde vasküler bitkiler ve çeşitli hayvan türlerini içerir.
