WebMD'ye göre probiyotiklerin veya laktobasillerin yan etkileri dışkıda mukus içerir. Probiyotiklerin yan etkileri bağırsak gazı veya şişkinliği içerir ve genellikle hafiftir. Dışkıdaki muhtemel mukus nedenleri arasında, Doğru Teşhis'e göre irritabl barsak sendromu ve kabızlık vardır.
Probiyotikler, bebekler ve çocuklar da dahil olmak üzere çoğu insan için güvenlidir ancak zayıf bağışıklık sistemi veya kısa bağırsak sendromu olan kişiler için sorunlara neden olabilir, WebMD'yi belirtir. Probiyotikler hamile ve emziren kadınlar için muhtemelen güvenli olarak değerlendirilmiştir.
Probiyotikler inek sütüne alerjisi olan çocuklarda ishal, kolik, bazı akciğer enfeksiyonları, bakteriyel vajinal enfeksiyonlar ve egzamaların tedavisinde ve önlenmesinde etkilidir.