Pekmezin en yaygın yan etkileri Ayur Times'ın belirttiği gibi, gevşek dışkı ve ishaldir. Günde 3 çay kaşığı melas alan kişi de abdominal şişkinlik, ağrı ve kramp yaşayabilir.
Bazı insanlar, ilk kez pekmez alırken baş dönmesi ya da mide bulantısı yaşar, bu yüzden Ayur Times'a göre, yemekle ya da tam bir mideyle yemek almak en iyisidir. Şeker kamarasına alerjisi olan kişilerin pekmezden uzak durması gerekir. Hamile veya emziren kadınlar, kan şekeri yüksek olan kişilerde olduğu gibi, düzenli olarak pekmez almadan önce bir doktora danışmalıdır.
