Fransisken rahipleri, bölgedeki İspanyol etkisini genişletmek ve yerli halkları Hristiyanlığa dönüştürmek için Mission San Juan Capistrano'yu kurdu. Meksika bağımsızlaştığında, yerel vali misyonu özel bir aileye sattı, ancak California eyalet haline geldikten sonra, Başkan Abraham Lincoln misyonu Katolik Kilisesi'ne geri verdi.
Peder Fermin Lasuen ilk olarak görevi 1775'te kurmaya çalıştı, ancak San Diego'da Hintli bir ayaklanmayı duyduktan sonra, rahipler görev çanlarını gömdüler ve bölgeyi terk ettiler. Peder Junipero Serra çanları topladı ve resmi olarak 1 Kasım 1776'da görevini kurdu. Yerel Hintliler, Juaneno, kiliseyi ve diğer binaları inşa etmeye yardım ettiğinde, rahipler aktif olarak kendilerine ateş verdi. Vaftiz olan Hintliler isimlerini ve sosyal geleneklerini değiştirmek, İspanyolcayı ve Katolik doktrinini öğrenmek ve papazların iznini bırakmamak da dahil olmak üzere katı kurallar uygulamak zorunda kaldılar. 1806 yılında, misyon gelişiyordu ve 1000'den fazla nüfusu vardı. Bu süreden sonra, görev azalmaya başladı.
1812 yılında, bir deprem görevin taş kilisesini tahrip etti. Meksika valisi 1845'te kayınbiraderi John Forster'a görevi sattı ve çiftlik olarak kullanıldı. Kaliforniya, 1850’de eyalet oldu ve 1865’de Lincoln, Katolik Kilisesi’nin mülkiyetini geri alan bir belge imzaladı. 20. yüzyıl boyunca geniş bir restorasyon geçirdi. 2015 yılı itibariyle sitede bir müze ve kilise var ve birçok ziyaretçi Capistrano yutarlarının yıllık göçünü görmeye geliyor.
