Missouri Nehri, Montana'daki Three Forks yakınlarında başlar ve St. Louis, Missouri yakınlarındaki Mississippi Nehri ile birleşene kadar koşar. Missouri Nehri, 2.341 mil boyunca uzanır.
Missouri Nehri'nin suları, Jefferson, Madison ve Gallatin Nehirlerinin birleştiği yerden geliyor. Bölge ilk kez Avrupalı yerleşimciler tarafından yerleşmeye başladığında, nehir sular altında kalmaya meyilliydi. Bu taşkınlar bölgedeki ekosistemin kilit bir parçasıydı. Günümüzde nehir, ana güzergahı boyunca 15 baraj su tutmaktadır ve barajlar selleri ve nehrin güzergahını değiştirmiştir. Missouri Vadisi olarak adlandırılan alan şimdi çok kalabalık ve geçmişte olduğu gibi su basmadı, ancak bu eylemlerin su kalitesi üzerinde etkisi oldu ve balık ve vahşi yaşam üzerinde ağır bir etkisi oldu.