Missouri'deki başlıca su kütleleri arasında Missouri Nehri, Mississippi Nehri, Ozarks Gölü, Geçerli Nehir, Chariton Nehri ve Taneycomo Gölü bulunur. Dikkate değer diğer su kaynakları Pomme de Terre Gölü ve Masa Kaya Gölü'dür.
Mississippi Nehri, ABD'deki en uzun nehirdir. Missouri'nin Illinois, Kentucky, Tennessee ve Iowa'da bir sınır oluşturması. Nehir taşımacılığı kolaylaştırmış ve Missouri sakinleri için on yıllardır su ve hidroelektrik enerji sağlamıştır.
Missouri Nehri, Amerika Birleşik Devletleri'ndeki en uzun ikinci nehirdir. Devleti batıdan doğuya doğru geçiyor ve St. Louis'deki Mississippi Nehri'ne katılıyor. Bulanık sularından dolayı "Büyük Çamurlu" adını alan Missouri, yüzlerce yıldır kaşifler ve öncüler için mükemmel bir yerdi. Missouri'nin dalları Cheyenne, Osage, Platte, Milk ve White nehirlerini içerir. Mississippi'den Meksika Körfezi'ne boşaldı.
Ozarks Gölü, Osage Nehri'nin batmasıyla yaratılmış insan yapımı bir göldür. Rezervuar sadece hidroelektrik gücü sağlayan Bagnell Barajı'na ev sahipliği yapmakla kalmıyor, aynı zamanda turizmi kendine çeken ünlü bir rekreasyon alanı.
