Missouri Nehrinin kaynağı, Jefferson Nehri olarak bilinen mahkemenin kaynağındaki Tarayıcı Baharında bulunmaktadır.
Bir nehrin kaynağı, nehirdeki en uzak nokta olan nokta olarak tanımlanır. Ancak, Lewis ve Clark şu an Missouri Headwaters Eyalet Parkı olan bölgeye ulaştığında, Lewis üç çataldan hiçbirinin diğerlerinden daha üstün olmadığına karar verdi ve üç çataldaki konumun Missouri'nin kaynağı olduğunu söyledi. Bu nedenle, Missouri'nin kaynağını belirlemek, üç koldan hangisinin en uzun olduğunu belirlemek için Lewis ve Clark Trail Heritage Foundation'ı gerektiriyordu.
