Ulusal Böbrek Vakfına göre böbrek taşı tedavisi litotripsinin ortak yan etkileri idrarda kan ve işlemi takip eden günlerde idrar yaparken kandır. Taş parçaları ayrıca ilave tedaviler gerektiren böbreklerde kalabilir.
Litotripsi böbrek taşlarının parçalanması için bir prosedür olduğundan, Ulusal Böbrek Vakfı'na göre ortaya çıkan kırıkların vücuttan çıkmak için idrar yolundan geçmesi gerekir. Bu biraz ağrıya neden olabilir. Bazı kırıkların geçemeyecek kadar büyük olması durumunda, hastalar ek tedavi görene kadar böbrek taşı semptomları yaşamaya devam edebilir. Hastalar ayrıca, Johns Hopkins Medicine tarafından belirtildiği gibi, karın veya sırtta morarma yaşayabilir. Hastalar, aspirin gibi ağrı kesicilerle, doktor tarafından belirtilen ağrı ve diğer yan etkilerle başa çıkabilir ve sıvı tüketimi, taş parçalarının geçmesinden kaynaklanan rahatsızlıkları azaltabilir.
Litotripsi prosedürü ile ilişkili riskler enfeksiyon, idrar yolunun tıkanması, böbrek çevresinde kanama ve Johns Hopkins Medicine'e göre tekrar radyasyona maruz kalmanın olası komplikasyonlarını içerir. Hastalar, şiddetli bel ağrısı, ateş, üşüme, idrar yaparken yanma veya litotripsiyi takiben acil idrara çıkma gibi ciddi yan etkiler yaşıyorsa doktora bildirmelidir.