Üreme ve atılım için ayrı açıklıklar bulunmadığı için, köpekbalıklarının boşaltım sistemindeki arka bağırsak açıklığına anüs yerine kloak denir. Sindirim köpekbalığı sistemlerinde, gıdalar kısa bir bağırsaktan geçer ve daha sonra kloaktan atılır.
Köpekbalıklarında yiyecekler önce yemek borusundan geçer, parmak benzeri uzantılar yiyeceğin kaçmasını önler. Köpekbalıklarının mideleri J şeklindedir ve uzunluklarının yaklaşık yüzde 20'sidir. Kaslı mide duvarları, kemiği yumuşatan ve çözen hidroklorik asit üreten hücrelere ve mide astarını korumak için mukusa sahiptir. Mide duvarlarındaki kas halkaları, yiyeceği karıştırmak ve parçalamak için peristalsis yapar. Bağırsak besin emilim bölgesidir. İnsanlarda, birleştirilmiş kısa ve uzun bağırsaklar yaklaşık 28 fit uzunluğundadır, oysa köpekbalığının bağırsakları sadece bir ayak uzunluğunda, ama daha geniştir. Bir köpekbalığının bağırsakları yiyecekleri sindirmek için çok yavaş çalışır. İnsanlar yemekten sadece 4 saat sonra yiyecekleri boşaltabilirler, ancak köpekbalıklarında bu süreç 16 ila 17 saat sürebilir.
Bir köpekbalığının atıkları geçersiz kılmak için kullandığı bir başka yöntem midesini içten içe çevirmektir. Midesinde sindirilemez bir madde olduğu zaman midesini ağzından dışarıya doğru iter, mideyi deniz suyuyla durular ve normal pozisyonuna geri getirir.
