Sakallı ejderha, uromastyx ve mavi dilli skink dahil bazı kertenkeleler omnivordur. Diğer türlerin çoğu kesinlikle böcek öldürücü, etobur veya otçudur.
Çoğu kertenkele türü, çevrelerine bağlı olarak özel diyet türlerini uyarlamıştır. Kertenkelelerin çoğu öncelikle böcekler, örümcekler ve diğer küçük omurgasızlarla beslenir. Monitör kertenkeleleri ve Komodo ejderhaları gibi bazı daha büyük türler etçildir ve ölü hayvanları yerler ve kendilerini avlayıp öldürdükleri avları yaşarlar. İguanalar ise sert otçullardır ve sadece bitkileri yerler. Gekolar gibi diğer popüler evcil hayvan türleri, esaret altında böceklerin ve taze ürünlerin tadını çıkarmaktadır.
