Kenya'daki ana din Hristiyanlıktır. Nüfusun yaklaşık yüzde 82,5'i 2014 itibariyle Hristiyan olarak tanımlanmaktadır. Protestan olarak tanımlananların yaklaşık yüzde 50'si, geri kalanı ise Katolik ve diğer Hıristiyan mezheplerinden oluşmaktadır.
Hristiyanlığa ek olarak, İslam'ın Kenya'da önemli bir varlığı vardır. Nüfusun yaklaşık yüzde 11'i Müslüman inancına sahip. Kenya halkının geri kalanı geleneksel Afrika dinlerini veya Hinduizm'i uygular veya inançsız uygular. Ülkenin anayasası din özgürlüğüne izin veriyor, ancak Hıristiyanlık 19. yüzyılda ülkeye akın eden misyonerler dalgası nedeniyle en fazla etkiye sahip.