Doğa Eğitimine göre, kısıtlama enzimleri, DNA'yı daha sonra jel elektroforezi ile boyutuna göre ayrılabilen daha küçük parçalara kesmek için kullanılır. çok küçük DNA parçalarıyla sonuçlanır.
Bir Colorado State Biyoteknoloji web sayfasına göre, kısıtlama enzimleri, bakteriler için ilkel bağışıklık sisteminin bir şekli olan bakteri enzimlerinden türetilir. Bu enzimler, bakterilerdeki herhangi bir yabancı DNA'yı kesmek ve yok etmek için gelişti, bu yüzden DNA'yı küçük parçalara böldüler. Kısıtlama enzimleri ve jel elektroforezi, klonlama amacıyla tasarlanmış genlerin DNA içine girip çıkmasını sağlayan DNA rekombinasyon teknolojisi için de kullanılır.