James Madison, 1808 seçimlerini kazandığında ABD Başkanı oldu ve Charles C. Pinckney ve George Clinton'ı mağlup etti. Seçim oylarının neredeyse yüzde 70'ini kazandı.
James Madison başkan olmadan önce, ABD hükümetine çok dahil oldu. Konfederasyon Maddelerinin yerine geçen ABD Anayasası ile ilgili fikirlerin çoğuyla geldi. Anayasa'nın onaylanmasından sonra, Temsilciler Meclisi'ne seçildi ve Anayasada yapılan ilk 10 değişiklik olan Haklar Yasası'nı onaylamak için onaylarını veren birkaç makale yazdı.
Thomas Jefferson, ABD’nin üçüncü başkanı seçildiğinde, Madison’dan devlet sekreteri olarak görev yapmasını istedi. Eyalet sekreteri olarak Madison, Louisiana Satın Alma'nın yanı sıra Lewis ve Clark'ın Batı'yı araştırmasını denetlemesine yardımcı oldu.
Büyük Britanya ve Fransa tekrar savaşa girdiğinde, ABD gemileri ortada kaldı ve düzenli olarak saldırıya uğradı. Dışişleri Bakanı olarak Madison bu sorunu diplomatik olarak çözmeye çalıştı. Bu başarısız olunca, Amerikan gemilerinin Avrupa ülkeleriyle ticaret yapmasını yasaklayan 1807 tarihli Embargo Yasası'nın oluşturulmasına itti. Bu başarısız oldu ve çok popüler değildi.
Embargo Yasası'nın popüler olmamasına rağmen, Jefferson 1808'de tekrar cumhurbaşkanlığına aday olmadığında, Madison ezici bir şekilde başkanlık seçimini kazandı.
