Japonya bir ada ülkesidir, yani kara sınırlarını diğer ülkelerle paylaşmaz. Japonya'nın en yakın komşuları Rusya, Kuzey Kore, Güney Kore, Çin ve Tayvan'dır.
Japonya, Doğu Asya’da bulunan bir dizi adadan oluşur. Japonya denizi batıya, doğuda Pasifik Okyanusu, güneyde Doğu Çin Denizi ve Filipin Denizi ile sınır komşusudur. Karasuları, komşularının birçoğuyla yakın temas halindedir ve bu bölgelerin bazılarında anlaşmazlıklar mevcuttur. En kayda değer ihtilaf, Çin ve Rusya’nın kıyıdaki küçük adalar ve Japonya’yı çevreleyen toprak suları ile ilgili çelişkili iddiaları içermektedir.