Büyük Göllerdeki habitat kaybı, istilacı türlere, kirliliğe, kıyı şeridinin gelişmesine, gemilerin geçişine, yerli türlerin ortadan kalkmasına ve Büyük Göller havzalarındaki su çekilmesine bağlıdır. Habitat kaybının küçük bir kısmı Büyük Göller'de sel ve kuraklık gibi doğal afetler de dahil olmak üzere doğal olaylardan geliyor. Bununla birlikte, bu kırılgan ekosistemdeki değişikliklerin çoğu insan faaliyetinden geliyor.
Büyük Göller'de, diğer ekosistemlerle birlikte, doğal olmayan türlerin kullanılması önemli bir tehdit oluşturuyor. İstilacı türler, diğer yerlerden habitatlara taşınan bitkiler, bakteri ve hayvanlar gibi organizmalardır. Girişte, bu türler gıda, su ve barınak gibi kıt kaynaklar için doğal organizmaları aşabilir. İstilacı türler aynı zamanda yerli türleri doğrudan predasyon yoluyla veya bakteri ve virüs durumunda hastalık ve hastalık yoluyla öldürebilir.
Kirlilik, Büyük Göller bölgesinde biyolojik çeşitlilik kaybında bir başka faktördür. Kirlilik iki ana biçimde gelir: nokta kaynaklı ve nokta kaynaklı olmayan kaynaklar. Kar erimesi ve yağmurdan kaynaklanan su kirleticileri su yollarına ve yeraltı suyu kaynaklarına taşıdığında, kaynak dışı kirlilik oluşur. Noktasal kaynaklı kirlilik, fabrikalar ve kömür yakan yakıt tesisleri gibi doğrudan kaynaklardan geliyor. Son olarak, Büyük Göller boyunca gemilerin ve motorlu gemilerin sık sık geçişi, çevredeki sulara ve havaya önemli miktarda toksik kimyasal ve kirletici madde katmaktadır.
