Japonya, Doğu Asya'da bir ada ülkesidir. Toplam 6.852 adadan oluşan bir takımadadır. Kuzey Pasifik Okyanusu, Filipin Denizi, Doğu Çin Denizi ve Japonya Denizi ile sınırlanmıştır. Dört Ana Ada, Hokkaid?, Honsh ?, Şikoku ve Ky? Sh?, Ülke topraklarının yaklaşık yüzde 97'sini oluşturuyor. Tokyo'nun başkenti Honsh'da bulunuyor.
Dağlar ve ormanlar Japonya'nın yaklaşık yüzde 72'sini kapsıyor. Ülkedeki en yüksek rakım, zirvesi deniz seviyesinden 12.388 fit yükseklikte bulunan Honsh? Ülkedeki diğer büyük dağlar Tate Tate ve Haku Dağı'dır. Hida, Kiso ve Akaishi Dağları, bu dağdaki en yüksek zirveye sahip Kita Dağı ile Japon Alplerinin bir parçasıdır. Japonya'da ayrıca 108 aktif volkan var.
Shinano Nehri, ülkedeki en uzun nehirdir. En büyük göl Biwa Gölü'dür. Ülkenin en büyük ikinci gölü olan Hachir ?gata'da en düşük kot 1950'lerde toprak ıslahına başlayana kadar bulundu. Gölün yüksekliği deniz seviyesinin dört metre altında.
Japonya'daki sahil şeridi 18,486 mil uzunluğundadır. Yerleşime ve ekime uygun arazinin çoğu kıyı boyunca uzanır.