Antimikrobiyal ajanlar patojenleri öldüren çok çeşitli ilaçları, hastalığa neden olan ajanları içerir. Bakterileri, mantarları, virüsleri ve parazitleri hedefler. Antibiyotikler bakterileri öldürür, antifungaller mantarları öldürür, antiviraller virüsleri öldürür ve antiparaziterler parazitleri öldürür.
Antibiyotikler, antimikrobiyal ajanların en bilinenleridir. Bunlar penisilin, tetrasiklin ve azitromisin gibi ilaçları içerir. Amantadin ve oseltamivir, asiklovir, herpes virüsünün neden olduğu salgınları tedavi ederken, gribe karşı yararlı antiviral ajanlardır. Antifungal ilaçlar arasında, maya enfeksiyonlarını tedavi eden mikonazol ve sporcunun ayağını tedavi eden clotrimazol bulunur. Son olarak, antiparaziter ajanlar, Giardia lamblia ile istila belirtilerini tedavi eden itazoxanide gibi ilaçları içerir.
Antibiyotik direnci, bulaşıcı hastalıkların tedavisinde önemli bir husustur, ancak tüm antimikrobiyal ajanlara uygulanır. Direnç, bir patojen değiştiğinde ve artık bir antimikrobiyal ilaca yanıt vermediğinde ortaya çıkar. Başka bir deyişle, bir ilaç artık önceden duyarlı olan patojeni öldürmemektedir. Direnç nedenleri arasında antimikrobiyal ilaçların uygun olmayan şekilde alınması ve reçete edildikten sonra antimikrobiyal ilaçların yanlış kullanılması sayılabilir.
Uygunsuz bir reçete yazmanın bir örneği, viral enfeksiyonu olan bir hasta için antibiyotik reçetesi yazmak olabilir. Antibiyotikler virüslere değil sadece bakterilere karşı etkilidir. Yanlış kullanım örneği, enfeksiyon belirtileri birkaç gün sonra düzeldiği için bir antibiyotik kürünü bitirmek değildir.