Elektroforezde boya yükleme işlevi, DNA örneğinin jel kuyucuklarına batmasına izin vermek ve bilim insanlarının jel içinden akarken DNA örneğini görsel olarak izlemelerine izin vermektir. Jel elektroforezi bilim adamları tarafından DNA'yı çeşitli büyüklükteki ipliklere ayırmak için kullanılan bir yöntemdir. Yükleme boyası, DNA numunesinin çalışma tamponundan daha yoğun olmasına neden olur.
Yoğunluktaki fark, DNA numunesini kuyunun dibine batmaya zorlar ve numunenin tamponun içine yayılmasını önler. Yükleme boyaları, DNA örnekleri ile göç eden izleme boyalarından oluşur. Gliserol ve bromofenol mavisi, bir yükleme tamponu oluşturmak için kullanılan ortak bir karışımdır. Gliserol, DNA'ya bağlanır ve daha ağır olmasını sağlarken, bromofenol mavisi DNA'yı boyar. Bir jel elektroforezi çalıştırırken genellikle bir etidyum bromür çözeltisi kullanılır. Ethidium bromide, ultraviyole aydınlatma altında görülebilen bir kimyasaldır. Ethidium bromid ve diğer flüoresan boyalar, DNA örneklerine bağlanır ve bir transillüminatöre yerleştirildiğinde parlar. Bir jel elektroforezi çalıştırırken kullanılan boya miktarı çok önemlidir. Spesifik boyalar, DNA örneklerinde belirli bant boyutlarıyla ilişkilidir. Çok fazla veya çok az boya beklenen DNA örneklem büyüklüğünü gizleyebilir.
