Yapı açısından, D-glikoz ve L-glikoz arasındaki fark, glikoz molekülünün son asimetrik karbonu üzerindeki OH anyonunun pozisyonu anlamına gelir. D-glukozda, OH (hidroksil grubu) karbon atomunun sağında, L-glukozda ise OH sola doğru yerleşmiştir.
D ve L tanımları şeker ailelerine uzanır. Glikoz ve diğer birçok şekerin türetildiği üç karbonlu bir şeker biçimi olan gliseraldehitte bulunan iki farklı asimetrik karbon formundan kaynaklanırlar. D-gliseraldehidde, atomların hidroksil grubu sağa, L-glukozda ise hidroksil grubu sola yönelmiştir. D-gliseraldehitten türetilen tüm şekerler, D-glukoz dahil D-şekerlerdir ve aynı şekilde L-glikoz, L-gliseraldehit'ten türetilir.
Bu farkın önemi onların şeklindedir. Düz ayna görüntülere benzeyen iki boyutlu Fischer projeksiyonlarının aksine, gerçekte maddeler aslında farklı bir şekle sahiptir, enzimlerin substratları tanımak için kullandığı araçlardan biri. Sonuç olarak, enzimler - ve buna bağlı olarak biyolojik sistemler - hemen hemen her durumda yalnızca şekerlerin D şeklini tanıyacak ve tepki verecektir. Bu nedenle L-glikoz nadiren biyoloji tartışmasına girer.
