Christopher Columbus, Hispaniola'ya döndüğünde üçüncü seferinde 1500 yılında tutuklandı ve Santo Domingo kolonisini kaos ve kargaşada buldu. Bir hükümet temsilcisi Hispaniola ve Columbus'ta olan sorunları araştırdı. İspanyollara ve yerlilere kötü davranmaktan tutuklandı.
Columbus İspanya'ya geri gönderildi, ancak suçlamaları başarıyla itiraz edebildi. Üçüncü yolculuğu 30 Mayıs 1498'de başladı ve Çin'i aramak için güney bir rotaya geçti. 31 Ağustos 1498'de Hispaniola'ya dönmeden ve 1500'de tutuklanmadan önce Columbus, Grenada, Margarita ve Trinidad ve Tobago'yu buldu. Columbus, 9 Mayıs 1502'de Orta Amerika'yı bulmak için dördüncü ve son seferine başladı. 20 Mayıs 1506'da öldü, Hispaniola valiliğini tekrar kazanamadı.