Belçika Malinois, Alman Çoban'dan tamamen farklı bir köpek cinsidir, ancak benzer görünümleri nedeniyle bazen aynı oldukları düşünülmektedir. Malinois ve Alman Çobanları'nın kökenleri, palto tipleri, potansiyel renkleri ve saçılma alışkanlıkları dahil birçok farklılığı vardır.
İki cins arasındaki en temel fark, her biri kendi adına ülkeden gelen gibi kökenleridir. İki cins bazen benzer görünse de, görünüşlerinde ince farklılıklar vardır. Alman Çobanlar orta katlı iken Malinois, ince veya tel bir palto var. Her iki cins de renklendirmede siyah veya ten rengi ve siyah olabilir, ancak Alman Çobanları beyazken Malinois de gri olabilir. Ek olarak, Malinois sadece mevsimsel olarak dökülürken, bir Alman Çoban yıl boyunca sürekli olarak dökülür.
Belçika Malinois, neredeyse sadece köpek sürüleri olarak yetiştirilirken, Alman Çoban ırkları hayvan sürüleri veya çalışan köpekler olabilir. Alman Çobanlar asgari yaşam süresine biraz daha düşüktür, ancak 13 yıl aynı maksimum yaşam süresine sahiptir. Alman Çobanlar ayrıca hem daha düşük minimum hem de daha yüksek maksimum ağırlığa sahiptir. Son olarak, köpekler çok benzer bir genel mizaç paylaşırken, Belçika Malinois koruyucu olmaya meyilli değiller, Alman Çobanlar ise duyarlı veya bağımsız olmaya meyilli değiller.