Probiyotikler, Everyday Health için Beth Orenstein'a göre, kolondaki iyi bakteri miktarını artırarak sindirim sürecine yardımcı olur. Bu olduğunda, gıda bağırsakta hareket eder ve sonuçlar toksinler ve sindirilen yiyecekler atılırken ishal gibi görünür, Amerikan Gastroenteroloji Derneği'ni açıklar.
Probiyotikler, Amerikan Gastroenteroloji Koleji'ne, iyi bakterileri bağırsaktaki kötü bakteri oranına yeniden dengeliyor. Toksinlerin ve kötü bakterilerin yan ürünlerinin kolondan ayrılmasını ve vücudun geri kalanına girmesini önler. Örneğin, Lactobacillus casei Shirota bakterisinin, gıdaları sindirim kanalından geçirerek ve bağışıklık sistemini destekleyerek bu işlemi kolaylaştırdığı bilinmektedir, Amerikan Gastroenteroloji Derneği'ni belirtir. Sindirilmemiş gıdanın parçalanıp sindirilmesini kolaylaştırmaya yardımcı olur. Bir kişinin probiyotik kullandıktan sonra vücut atığı dışarı çıkarması ishal gibi görünse de, bu gerçekten probiyotiklerin işlerini yapmalarının etkisidir.
Normalde, Amerikan Gastroenteroloji Birliği'ne göre, Lactobacillus rhamnosus ve Lactobacillus casei gibi bakteriler, rotavirüs, enfeksiyöz bakteriler, virüsler ve parazitlerden kaynaklanan ishal semptomlarını hafifletir. Birkaç Lactobacillus bakteri suşu ve bir maya Saccharomyces boulardii suşu, yolcunun yiyecek veya sudaki bakterilerin neden olduğu, ishal gibi bulaşıcı ishalin neden olduğu semptomları tedavi etmeye ve kısaltmaya yardımcı olur. Bununla birlikte, probiyotikler, kramp ve gaz gibi diğer mide problemlerini tedavi etmek için de kullanılır ve enflamatuar barsak hastalığı ve enflamatuar barsak bozukluğunun tedavisinde etkili olmuştur.