Bakteriler kendi yaşam alanlarını işgal eder. Alan Eubacteria, muazzam çeşitlilik gösterir ve LSPN sınıflandırma şemasına göre, en az 30 farklı filali içerir. Bakterilerin lateral gen transferleri yoluyla tür engelleri arasında gen alışverişi yapma istekleri nedeniyle, soylara göre kesin sınıflandırmaların kesin olarak belirlenmesi zordur.
Taksonomistler, yaşamı başlıca alt sınırlara, özellikle de etki alanına, krallığa, filuma ve sınıfa ayırır. Bakteriler, Dünya üzerindeki yaşamın üç alanından biri olan Eubacteria alanına aittir. Wikipedia'ya göre, eski bakteri tanımı Prokaryota, sadece bakteri ve bitkileri Eukaryota bitkilerinden, hayvanlarından ve mantarlarından ayırmak için kullanılabilir ve bu nedenle sınırlı bir değere sahiptir. Eubacteria içerisinde organizmalar, phyla ve sınıflar halinde gruplandırılmış olsalar da, bu sınıflandırma seviyeleri ökaryotlar için geliştirildi ve bakterilerin genetik materyal ticareti yaptığı sıklığı hesaba katmıyor.
Geleneksel filogeni çizgileri sınıfın altındaki seviyelerde bozulmaya başlar, çünkü genetik izolasyonda nadiren bakteriyel "türler" bulunur, Wikipedia. Alt seviye sınıflandırma, bu nedenle, büyük ölçüde, bir bakteri türünü tanımlamak için çoğunluk-benzerlik kuralı olarak, memelilere uygulanırsa, insanları, maymunları ve maymunları tek bir "tür" olarak gruplayacağı için bir fikir meselesi haline gelir.
