Bir atomun boyutu, proton, nötron ve içerdiği elektron sayısına bağlı olarak atomun türüne bağlıdır. Periyodik tablodaki her atom farklı bir boyuta sahiptir.
Yaklaşık olarak, bir proton ve nötron 1.67 * 10 ^ -27 kilograma ve bir elektron 9.11 * 10 ^ -31 kilograma eşittir. Bir atomdaki proton ve nötronların sayısı atom numarası ile belirlenirken, elektronların sayısı atom ağırlığı ve atom sayısı ile belirlenebilir. Periyodik tablodaki her atom, protonlarına, nötronlarına ve elektronlarına bağlı olarak farklı bir genel boyuta sahiptir. Genel olarak, atom boyutu periyodik tablonun sütunlarından aşağıya doğru uzar ve soldan sağa doğru küçülür.