Antibiyotikler, enfeksiyona neden olan spesifik bakterileri hedef alıp öldürerek diş enfeksiyonunu tedavi eder. Genellikle, bunlar kök kanalı tedavisi veya irin drenajı gibi fiziksel bir tedavi ile birlikte kullanılır. Enfeksiyonu durdur ve diş sağlığını yeniden sağla.
Klindamisin ve penisilin bazlı antibiyotikler en yaygın olarak amoksisilin dahil oral enfeksiyonların tedavisinde kullanılır. Penisilin ve amoksisilin her ikisi de beta laktam antibiyotiktir ve bakterinin hücre duvarlarına saldırarak ve yeni hücre duvarları yapmak için bileşenleri sentezlemelerine izin vermeden bazı bakteri türlerini öldürür. Hücre duvarları olmadan, bu bakteri türleri hızla ölür. Clindamycin bazı bakteri türlerinin yeni proteinler üretme yeteneğine müdahale eder ve bu da büyümelerini önler. İnsan bağışıklık sistemi daha sonra hızla kalan bakterileri öldürür.
Kök kanalı gibi başka bir tedavinin yanı sıra antibiyotikler diş etleri ve çene enfeksiyonunu temizlemede çok etkilidir. Bununla birlikte, antibiyotikler doğru alınmazsa, enfeksiyon geri dönebilir. Antibiyotikler etkisiz ise, o zaman diş enfeksiyonuna neden olan bakterilerin gelecekte bu antibiyotik sınıfına dirençli olma riski vardır. Bakteriler antibiyotiğe dirençli hale gelirse, aşağıdaki enfeksiyonun tedavisi çok daha zor olacaktır.
