Uzman sistem kullanmanın dezavantajları arasında yüksek maliyet ve karmaşık bir menü odaklı sistem bulunur. Diğer dezavantajlar arasında değişen çevreye esnekliği olmayan sağlamlık, bazı kararların arkasındaki mantığı açıklayamamak ve karmaşık prosedürleri otomatikleştirememek sayılabilir.
Uzman bir sistem, sorunlara çözüm önermek veya aksi takdirde uzmanların danışılmasını gerektiren belirsizlikleri gidermek için tasarlanmış yazılımı ifade eder. Uzmanların karar verme yeteneklerini taklit eden bilgisayar tabanlı bir sistemdir. Bilgisayar destekli teknolojideki ilerlemeler ile uzman sistemler mümkün olmuştur. Bu sistemler insanlar adına hareket eder ve karar vermeyi kolaylaştırmak için onlara tam bilgi ve tavsiye sağlar. Uzman sistemler, toplumdaki çeşitli alanlarda, basit talimatların verilmesinden karmaşık görevlerin yerine getirilmesine kadar geniş bir şekilde uygulanmaktadır.
Ancak, uzman sistemin en büyük dezavantajı bilgi edinimidir. İlgili yazılım uygulamalarıyla çalışmak için gereken becerileri kazanmak için önemli miktarda zaman gerekir. İnsanların tamamladığı görevlerin aksine, uzman sistemler karar vermede sağduyulu değildir. Ayrıca insanların sahip olduğu yaratıcılıktan da yoksunlar.
Diğer yandan, uzman sistemler ihtiyaç duyulduğunda kolayca alınabilecek birçok bilgi tutma kapasitesi de dahil olmak üzere birçok fayda sunar. Ayrıca karar alma sürecini merkezileştirirler. Uzman sistemlerin kullanılması, otomasyon süreci boyunca hataları gidermeye yardımcı olur.