Tuzlu su timsahları, habitat kaybı ve yasadışı avlanma ve avlanma gibi insan faaliyetleri nedeniyle tehlike altındadır. Tuzlu su timsahlarının doğal avcıları çok azdır, ancak etlerine, yumurtalarına ve derilerine dikkat çekmektedir. İnsan topluluklarıyla uzaya rekabet etmek ve ülkelerindeki insanlara saldırmak eğilimi, ayrıca tuzlu su timsahlarını insanlar tarafından öldürülme hedefleri haline getirir.
Tuzlu su timsahları, Güneydoğu Asya, Doğu Hindistan ve Avustralya'nın bazı bölgelerinde okyanus ve denizlerde büyür. Nüfus büyüklükleri ve tehlike altındaki statüleri farklı gruplar arasında değişmektedir. Tahminler, küresel nüfusun büyüklüğünü 200.000 ila 300.000 hayvan arasında konumlandırıyor. İsimlerine rağmen, bu su canlıları, tuzlu sulara ek olarak tatlı su alanlarında yaşarlar.
Diğer birçok timsah türü gibi, dünyadaki insanlar bu timsahlardan, özellikle de derilerinden parçalar ve ürünler talep ederler. Yasadışı avlanma, yasal korumanın uygulanmasına rağmen, özellikle Avustralya'da, timsahlar için risk oluşturmaya devam ediyor. Uluslararası hukuk uyarınca, tuzlu su timsahları, Ek I veya Ek II'de sınıflandırma yoluyla korumaya sahiptir. Bu listeler koleksiyonlarını yasaklar veya sınırlı yayınlara izin verir.
Habitat kaybı, özellikle Avustralya'da, timsah popülasyonlarını da tehdit ediyor. Öncelikle tarımsal üretimler için, yaşam alanlarını giderek insan yerleşmesine ve toprakların değiştirilmesine kaybediyorlar. Arazileri çiftliklere dönüştürmek, timsahların yuvalarını ve üreme alanlarını rahatsız eder, çünkü bu alanlar su bufalosu ve hayvancılıktan zarar görür.
