Boyutları, renklendirilmeleri, desenleri ve işaretlemeleri ve doğal ortamları ile farklı tipte kertenkeleler tespit edilebilir. Diğer tanımlama şekilleri, kertenkelenin rengini değiştirip değiştiremeyeceği, mizacını ve ayak uçlarında yapışkan pedleri olup olmadığıdır.
Bir gekoyu tanımlamanın diğer yolları arasında, gündüzleri daha mı aktif, yoksa geceleri daha mı aktif olsa da, çoğu kertenkeleler gecedir. Birçok kertenkele türü partojenetik olarak üreyebilir ve kertenkele türlerini ayırt etmenin başka bir yolu da yumurtalarının çıkması için geçen süredir. Kuluçkahanede bir ila üç ay sürebilir. Herpetologlar ayrıca, ne tür olduğunu belirlemek için sık sık bir gecko derisindeki gözenekleri incelerler. Çoğu gecko türü, kuyrukları çekilirse kuyruklarını tutabilir, ancak bazı ırklar saldırıya uğradıklarında istediklerini istedikleri gibi tutabilirler.
Bazı gecko türleri daha belirgin ayırt edici özelliklere sahiptir: uçan kertenkele, boynu ve bacakları arasında, ağaçtan ağaca, sincaplara benzer şekilde kaymasına yardım eden deri kapaklarına sahiptir ve timsah kertenkelesi miniklere benzer timsah çünkü derisi ve kuyruğu dikenlerle doludur.
