Mayo Clinic'e göre TURP'un yan etkileri veya prostatın transüretral rezeksiyonu, oldukça tehlikeli olma olasılığına sahiptir. Hastanın kan transfüzyonuna ihtiyacı olacak kadar ağır kanamayı içerirler ve TURP sendromu adı verilen nadir bir risk kandaki sodyumu hayatı tehdit eden seviyelere düşürür.
TURP sendromunda, hastanın vücudu cerrahi bölgeyi yıkamak için kullanılan irrigasyon sıvısını çok fazla emer, diyor Mayo Clinic. Sulama olarak bir tuzlu su çözeltisi kullanılması bu komplikasyon riskini azaltır. Diğer yan etkiler idrar kaçırma ve geçici idrar retansiyonunu içerir. Bu durum genellikle ameliyattan sonra birkaç gün sürer ve hasta kendi başına idrara çıkıncaya kadar bir kateter kullanır.
Mayo Clinic, TURP'un diğer yan etkileri, kateterin çok uzun süre yerinde kalma riski olan idrar yolu enfeksiyonu olduğunu iddia ediyor. Her ne kadar idrar yolu enfeksiyonları antibiyotiklerle temizlese de, bazı erkeklerde tekrar tekrar görülüyor. Hastada cinsel işlevde de problemler olabilir ve ilk prosedür semptomlarını hafifletmiyorsa veya semptomların geri dönmemesi durumunda bazı hastaların TURP prosedürünü tekrarlamaları gerekir. İlk prosedürün bir sonucu olarak üretrası veya mesanesinin boynu çok darsa hastanın da tekrar bir prosedüre ihtiyacı olabilir.