Sağlıklı bireylerde, Ulusal Tamamlayıcı ve Bütünleyici Sağlık Merkezi'ne göre, probiyotiklerin tek yaygın yan etkisi, gaz gibi hafif sindirim rahatsızlıklarıdır. Bununla birlikte, 2015'ten itibaren, bilim adamları hala uzun vadeli probiyotik almanın güvenliğiyle ilgili bazı belirsizliklere sahipler ve daha fazla araştırma yapılması gerekiyor. Probiyotik almak, son zamanlarda ameliyat olmuş, kritik derecede hasta olan veya bağışıklık sistemini zayıflatan insanlarda ciddi enfeksiyonlara neden olabilir.
Bazı probiyotik ürünler aynı bakteri tellerini içermez; bu, bazı ürünlerin diğerlerinden daha güvenli olması anlamına gelir, Ulusal Tamamlayıcı ve Bütünleyici Sağlık Merkezi'ni belirtir. Örneğin, bir çalışmanın sonuçları, belirli bir Lactobacillus zincirinin 65 yaşın üzerindeki sağlıklı bireyler için güvenli göründüğünü, ancak çalışmanın genel olarak probiyotik kullanımının yaşlı insanlarda güvenli olduğuna dair yeterli kanıt olmadığını göstermiştir.
Probiyotiklerin çok çeşitli sağlık koşullarını yönetmede yardımcı olduğu iddialarına rağmen, çok az bilimsel kanıt vardır veya hiç yoktur, Ulusal Tamamlayıcı ve Bütünleyici Sağlık Merkezi'ni uyarır. Probiyotik takviyelerin antibiyotik alan veya bazı enfeksiyonları olan kişilerde ishali önlediğine dair bazı kanıtlar vardır. Probiyotiklerin irritabl barsak sendromu semptomlarını azalttığına dair bazı kanıtlar da vardır. Bu faydaları sağlamada hangi spesifik probiyotiklerin en etkili olduğunu ve bu faydaları elde etmek için hastaların ne kadarını kullanması gerektiğini belirlemek için daha fazla araştırma gereklidir.
