Takım Roketi bilim adamı Gideon, oyuncu Buz Düşen Mağarası'ndaki Takım Roketi Grunt'larını yenene kadar Noktalı Delik'in girişini engeller. Grunts yenildiğinde en kısa sürede bu pozisyondan hareket edecektir.
Oyuncunun, Noktalı Delik açılmadan önce hikayedeki Buz Mağarası Mağarasına ulaşması gerekir. Kaygan bir buzun ve çatlayan fayansların labirenti, oyuncuların mağarada daha derin ilerlemelerini sağlayan Şelale özelliğini bulmak için yönlendirilmelidir. Burada, bir grup Team Rocket Grunts ile mücadele eden Elite Four antrenörü Lorelei'yi bulacaktır. Lorelei gerisini hallederken oyuncunun sadece bir tanesini yenmesi gerekir.
Oyuncunun Noktalı Delik'e geri dönmesi üzerine, Gideon ortadan kaybolmuş olacak, ancak oyuncu onunla iş yapmaktan çok uzak. Noktalı Delik'in ilk katını geçmek için Kesim kabiliyetine ihtiyaç var ve iki yapboz çözülmeli. Sapphire'i Dotted Hole'dan aldıktan sonra Gideon çalmak için geri döner ancak aynı zamanda oyunculara Five Isle Meadow'daki Roket Deposuna erişmeleri için şifre verir. Orada, oyuncu bazı Team Rocket Admins ile mücadele etmeli ve sonunda Sapphire'ı kurtarmak için Gideon'un kendisi ile savaşmalı.
