Poké Zümrüt'te dış uzaya seyahat etmek mümkün değildir. Oyuncular Mossdeep Space Center'ı oyun boyunca ziyaret ederler ancak uzaya gitmek için rokete binemezler.
Uzaya girmenin mümkün olduğuna dair söylenti muhtemelen uzaydan geldiği söylenen Pokemon Deoxys ile başladı. Bununla birlikte, bu oyunda Doğum Adasında deoksiler elde edilir. Test başlatmaları istasyonda periyodik olarak gerçekleştirilir ve oradaki bir bilim adamı başarılı testlerin geçerli sayısını verir, ancak oyuncu bunlara hiçbir şekilde katılamaz. Bilim insanının verdiği sayı, şu anki oyunun başlamasından bu yana geçen hafta sayısına karşılık geliyor.
Oyun boyunca, Team Magma, Uzay Merkezi'ni devraldı ve oyuncu, onlardan geri almak zorunda. Bu olay, oyuncu Mossdeep Gym'den Zihin Rozeti kazandıktan kısa bir süre sonra ortaya çıkar. Team Magma tesisin kontrolünü ele geçirdiğinde, oyuncu tüm Team Magma Grunts'ı birinci kattan temizlemelidir. Bu yapıldıktan sonra, oyuncular Steven Stone ile buluştukları ikinci kata ilerleyebilirler. Stone, Maxie ve Tabatha'ya karşı çifte savaş için oyuncuya katılır.
