Penn İstasyonu'nun düzeni üç seviyeden oluşur: sokak seviyesi, üst seviye ve alt seviye. Düzen, tren rayları ve platformları, bagaj saklama alanları, mağazalar ve restoranlar da içerir. Sokak seviyesinin 7. caddeye yakın 34. Sokak Long Island Tren Yolu girişi, 31 ve 32. Caddelerde 7. Cadde LIRR ve New Jersey Transit girişleri ile 31 ve 33. Caddelerde 8. Cadde Amtrak girişleri dahil olmak üzere Penn İstasyonu'na ana girişleri vardır .
Penn İstasyonu'nun üst katı Amtrak ve New Jersey Transit tren servisinin yeridir. Binanın 7. Cadde tarafı Amtrak platformlarına ev sahipliği yaparken, 7. Cadde tarafı NJ Transit terminaline sahiptir. Alt seviye, LIRR platformlarının konumudur ve çeşitli toplantılara sahiptir: West End Konferansı, Çıkış Konferansı, Merkezi Konferans, Hilton Koridoru ve Bağlantılı Toplantı Buradan New York City Metro hattı A, C ve E ve 1, 2 ve 3 ile bağlantı mümkündür.
Asansörler, 34. Sokak ve 7. Cadde ana girişlerindeki Penn İstasyonu tesisine sokak düzeyinde ve istasyona erişim sağlar. Penn Station, çok sayıda yiyecek ve içecek satıcısının yanı sıra alışveriş ve servis sağlayıcılarına da ev sahipliği yapmaktadır.
