Çakal, kediler ve insanlar gibi pelikanleri yer. Kokarcalar, deniz martıları ve vahşi kediler gibi küçük memeliler ve kuşlar, genç pelikanları avlar. İnsanlar aynı zamanda pelikanın avcılarıdır, tüyleri için onları avlar ve eti yerler.
Pelikanlar, doğal ortamlarındaki çoğu avcı için avlanmalarını zorlaştıran büyük bir kuştur. Bu nedenle çoğu hayvan onları avlamaz. Ancak uçamayan yaralı bir pelikan, yaban köpekleri, yaban kedileri ve daha büyük memeliler için kolay bir avdır.
Pelikanların avlanmasıyla birlikte, insanlar ayrıca pelikanlarda DDT gibi pestisitler ile düşüşe neden olmuştur. Bu pestisitler, pelikanların yumurtalarının kısır kalmasına veya kuluçka hasarlı civcivlerin kalmasına neden olur. Bazı pelikan türleri Kuzey Amerika'da hala tehlikede.
