Bir ninja ve samuray arasındaki temel fark, ninja'nın ninjutsu'da yetenekli olduğu ve bir samurayın bushido uyguladığıdır. Ninjutsu, casusluk için geliştirilen gizli ve sabotaj sanatıdır. Bushido bir onur ve ahlak kurallarıdır.
Japon folkloru, ninjaların şeytandan geldiğini öne sürüyor. Alimler, ninjutsu'nun erken feodal samuraylara zıt olarak altıncı yüzyıl civarında bir süre geldiğine inanıyorlar. Ninjutsu, kınan bir samuray ve bir Çinli keşiş tarafından geliştirilen Hint-Çin ve Japon taktiklerinin bir karışımıydı. Ninjutsu bushido kodunu görmezden geldi ve gizli eylemi değerlendirdi.
İlk samuray savaşçıları, feodal Japonya'nın varlıklı mülk sahiplerine destek verdi. 12. yüzyılda, samuraylar askeri ve siyasi kontrol kazanıyorlardı. 1185’deki Gempei Savaşı’nın ardından samuraylar Kamakura Shogunate’i askeri bir diktatörlük olarak kurdu. Diktatörlük 19. yüzyıla kadar sürdü.
Ninjalar üst sınıftan utangaç samuray veya alt sınıftan çiftçilerin ya da köylülerin oğulları olarak gelebilir. Ninjalar sıradan ninja veya geninden arabulucuya, chunin'e, yüksek adam veya jonine kadar sıralanır.
Samurayların gerilemesi, 19. yüzyıl ortalarında Japonya’da Batı kültürünün tanıtılmasının ardından meydana geldi. Japon yasama meclisi 1871'de feodalizmi ortadan kaldırdı, ancak bushido kodu II. Dünya Savaşı boyunca Japon kültüründe belirgindi.
